В рукопашном бою он убил 11 фашистов и был награжден орденом боевого красного знамени и медалью «За отвагу»... посмертно. За восемь дней до победы он, командуя десантной ротой, получил ранение разрывной пулей в позвоночник. Родителям ушла похоронка. Когда его несли хоронить, то уронили с носилок и он, закричав от боли, остался жить.
Вернувшись с войны, он два года был на костылях, ему кололи морфий, чтобы избавить от боли. Чтоб он не стал наркоманом, отец уговорил Эрнста вместо морфия пить спирт. Следующие 14 лет Эрнст проработал грузчиком , каменщиком, литейщиком. Его первые скульптуры были созданы из металлолома и отходов литья.
На Новодевичьем кладбище стоит его знаменитый черно-белый памятник – надгробие Хрущеву. Гонорар за памятник 3000 рублей от сына Хрущева он выбросил в открытое окно машины со словами: «Пусть москвичи помянут Никиту Сергеевича!».
В 1968 году он выиграл конкурс на создание обелиска на Асуанской плотине. Это был «Цветок лотоса». Установлен в 1971 году. Его высота 87 метров. В 1974 году он выполняет огромный горельеф (970 кв.м) «Рождение разума» для института электроники в Зеленограде. Из-за отсутствия денег на завершение замысла, треть горельефа он создает на свои деньги.
Из созданных в советский период 850 скульптур у него закупили только 4. Против него возбуждали уголовные дела, его обвиняли в валютных махинациях, в шпионаже.
Его, фронтовика, не раз избивали  гэбисты, ломали пальцы, ребра, нос, а в его мастерской устраивали погромы. 67 раз он подавал заявление на выезд из СССР, чтобы работать по приглашению со знаменитым архитектором Миоскаром Нимейером.
В 1976 году он смог выехать в Швейцарию, а в 1977 году он с 60-ю долларами переехал в США. Он говорил, что, если бы остался в союзе, то умер бы от тоски или спился.
В Магадане при создании 15-метрового монумента жертвам сталинских репрессий «маски скорби» он лишился ногтей на руках от работы на морозе. Вручаемая победителям телевизионного конкурса «Тэффи» статуэтка Орфея – тоже работа Эрнста Неизвестного.
В последние годы после тяжелой операции он мог передвигаться только в инвалидной коляске и видел одним глазом, но продолжал рисовать эскизы, по которым его ученики-помощники отливали скульптуры.
Его работы установлены в Москве, Нью-Йорке, Сан-Франциско, Магадане, Екатеринбурге, Одессе, Элисте, Кузбассе, Швеции, Египте. Для Калмыкии, по просьбе Кирсана Илюмжинова, Неизвестный создал памятник «Исход и возвращение», посвященный депортации калмыцкого народа в 1943 году и жертвам сталинских репрессий. Памятник был открыт 29 декабря 1996 года. 
Как рассказывал Первый президент Республики Калмыкия Кирсан Илюмжинов, когда приближалась трагическая дата – 50 лет со дня ссылки калмыцкого народа, он вместе с друзьями бизнесменами арендовал поезд, чтобы земляки смогли  поехать по маршруту ссылки. Это был поезд Памяти, дружбы и благодарности народу Сибири за то, что помогли пережить долгие годы ссылки.
В тот же год Илюмжинов встретился с Эрнстом Неизвестным и рассказал о своей задумке с поездом Памяти и попросил его сделать памятник в честь погибших в ссылке и вернувшихся домой калмыков . Но тогда Неизвестный ничего не ответил.
Летом 1994 года Эрнст Неизвестный приехал в Калмыкию. Он работал с архивом, встречался с людьми – теми, кто вернулся из сибирской ссылки. Делал зарисовки. Кстати, в монументе многие могут узнать лица своих родных, ведь автор рисовал и с живых свидетелей той страшной трагедии. Мастер трудился полтора года над созданием монумента в своей мастерской в Нью-Йорке.